芬普尼蛋再度引爆國內食安問題，中央部會卻權責不清，衛福部食藥署甚至只抽驗十件蛋品，就詔告國人國產雞蛋安心無虞，不料幾天後被農委會打臉。
食藥署長吳秀梅承認，國內有一千四百五十一家蛋雞場，市場端抽驗十件蛋品太少，未來將檢討抽驗比例，不排除提升抽驗件數，達到「最有意義」的抽樣檢驗。
歐洲國家及韓國陸續爆發雞蛋汙染芬普尼事件後，食藥署十八日發布新聞稿，先指出台灣未輸入歐洲蛋和韓國蛋，再強調啟動「北中南三區通路之雞蛋芬普尼抽驗專案」，十件蛋品未檢出芬普尼，國人可安心吃雞蛋。三天後，防檢局卻說有蛋雞場中標。
毒雞蛋迅速延燒，中央統籌檢驗與調查，卻搞不清楚後續流向，連全聯販售不合格蛋品，也是彰化縣衛生局公布出來才知。外界質疑，行政院食安辦公室、食藥署與農委會的橫向聯繫不足。
吳秀梅指出，發現毒蛋後，食安辦馬上聯絡大家開會，啟動緊急應變機制，迅速檢驗蛋雞場，並啟動後市場追查，大家每天馬不停蹄揪問題蛋，將蛋送到十幾個檢驗處，就是希望早點完成。
吳秀梅表示，該署當初這麼快發布十件蛋品抽驗結果，是想早一點告訴民眾後市場端的檢驗結果，和跨部會合作機制好不好無關，「外界的批評對我們不公平。」
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